肿瘤医学研究所成立于2012年，是四川省肿瘤医学国际科技合作基地及西南医科大学肿瘤创新与转化中心的核心单位。研究所现有固定科研人员10名，兼职科研人员5人，其中正高级6人，副高级4人，曾获批国家级科研项目3项，省级科研项目20余项。研究所以跨学科团队为依托，以国际合作为纽带，致力于乳腺癌、前列腺癌、肺癌和结直肠癌等的基础、应用基础和转化医学研究，致力于构建“分子机制→靶向干预→临床转化与人群验证”的全链条、闭环式癌症研究体系。研究所现位于科技大楼9楼，目前共有实验场地430m²，建成了的细胞分子生物学、肿瘤病理学、基因敲除动物、肿瘤组织资源库与药物研发等科研平台，拥有数字病理分析系统，高精度超声破碎系统等大型仪器，设备总值达700余万元。